水利工程质量检测依据标准的使用原则为：有水利部行业标准时，优先采用水利部行业标准；只有国务院其他部委发布实行的行业标准时，采用其他部委行业标准；没有行业标准，仅有国家标准时，采用国家标准。因此A、B选项正确。原则上检测单位无权决定对检测对象采用何种标准，采用标准的决定权在设计单位和检测任务的委托方，因此C选项错误，D选项正确。当发现委托方在合同中不确定采用标准或对指定采用的标准有疑问时，检测单位应负有提醒责任，以免用错标准，而不是直接按国家标准执行，因此E选项错误。