截取混凝土抗压芯样试件的规定为：当桩长为10～30m时，每孔截取3组芯样（选项A正确）；当桩长小于10m时，可取2组，而非必须截取3组（选项B错误）；上部芯样位置距桩顶设计标高不宜大于1倍桩径或2m，而非2倍或5m（选项C错误）；缺陷位置能取样时，应截取一组芯样进行混凝土抗压试验（选项D正确）。对于芯样试件，若平均直径小于2倍试件内混凝土粗骨料最大粒径且强度值异常时，该试件的强度值无效，不参与统计平均（选项E错误）。