根据《公路水运工程安全生产监督管理办法》第47条规定，交通运输主管部门对监督检查中发现的安全问题或者安全事故隐患，应当根据情况作出如下处理：（1）被检查单位存在安全管理问题需要整改的，以书面方式通知存在问题的单位限期整改；（2）发现严重安全生产违法行为的，予以通报并按规定依法实施行政处罚或者移交有关部门处理；（3）被检查单位存在安全事故隐患的，责令立即排除（而非限期排除）；重大事故隐患排除前或者排除过程中无法保证安全的，责令其从危险区域撤出作业人员，暂时停止施工并按规定专项治理（而非继续施工）。因此，选项A、B正确，选项C、D错误。