根据规定，机关、事业单位从中小企业采购货物、工程、服务，付款期限最长不得超过60日。本题中，合同约定“自收到结算审核报告后90日内支付”，此期限超过了法定的60日最长限，因此该约定因违反强制性规定而无效，应直接适用“最长不得超过60日”的规定。同时，关键点在于付款期限的起算点。条文规定：“合同约定采取履行进度结算、定期结算等结算方式的，付款期限应当自双方确认结算金额之日起算。”本题属于典型的“结算后付款”方式，因此付款期限应从2023年10月1日（双方确认结算金额之日）起算。60日的截止日期为2023年11月30日。因此，B选项正确。